Khoáng vật zircon chứa zirconi hay các biến thể của nó (như jargoon, hyacinth, jacinth, ligure), được đề cập tới trong các văn bản của Kinh Thánh.[10][13] Khoáng vật này đã không được biết như là có chứa một nguyên tố mới cho tới tận khi Klaproth phân tích mẫu jargoon từ đảo Ceylon ở Ấn Độ Dương.Ông đặt tên cho ngyên tố mới này là Zirkonerde (zirconia).[7][10] Humphry Davy đã cố gắng cô lập nguyên tố mới này vào năm 1808 bằng điện phân, nhưng thất bại.[4] Zirconi (từ tiếng Syriac zargono,[15] tiếng Ả Rập zarkûn từ tiếng Ba Tư zargûn زرگون nghĩa là "giống như vàng")[13] lần đầu tiên được Berzelius cô lập ở dạng không tinh khiết vào năm 1824 bằng cách nung nóng hỗn hợp kali và florua zirconi-kali để phân hủy trong ống sắt.[7][10]

Phương pháp thanh kết tinh (hay phương pháp Iodua) do Anton Eduard van Arkel và Jan Hendrik de Boer phát minh năm 1925 là phương pháp công nghiệp đầu tiên để sản xuất ở quy mô thương mại zirconi kim loại nguyên chất. Phương pháp này diễn ra với sự phân hủy bằng nhiệt của tetraiodua zirconi (ZrI4). INó bị thay thế vào năm 1945 bằng phương pháp Kroll rẻ tiền hơn do William Justin Kroll phát minh, trong đó tetraclorua zirconi bị phá hủy bằng magiê.[5][16]

Zirconi chất lượng thương mại cho phần lớn ứng dụng vẫn còn chứa 1-3% hafni.[17]